玛雅人创造出了令人称奇的高度文明，但是古典期玛雅文明为何突然消失，至今还没有确实的定论。科学家和考古学家，对玛雅文明湮灭之谜，提出了许多假设，诸如外族入侵、人口爆炸、感染疾病、气候变化、农民起义等。
就玛雅的地理环境而言，现今最为人所信服的是由于文明过度的发展（部分城市中曾有现代都市的人口密度，导致资源消耗过大与环境破坏，再加之遇上的各种灾难，生活在脆弱的雨林及采用原始游耕技术的玛雅人难以负担庞大的人口，甚至发生了资源争夺战争，导致玛雅人远走他乡。
另外，玛雅高深的知识和文化只掌握在极少数贵族和祭司的手中，占玛雅人口绝大多数的平民和奴隶完全是文盲。养尊处优的贵族知识分子，在繁华殆尽后难以生存，乃至很快消失。而后古典期的玛雅文明，在奇琴·伊察时代有着些许不同（传说受到托尔特克人入侵的影响），但更具活力，之后的继承者没办法保持奇琴·伊察的活力，征兆是建筑不再兴建及城市生活的消失。当阿兹特克帝国在14世纪兴起时，玛雅已经进入衰落期。
衰落原因
玛雅人在如此兴盛的时期之后，何以在很短的时间内迅速衰败？原因众说纷纭，至今仍是不解之谜。虽然玛雅人在极短的时间内骤然减少，但形成的原因由来已久。造成玛雅人衰败的因素有以下几个方面：
人口爆炸
玛雅人居住的地区不大，营造的居住城市更小。在如此狭小的面积上，人口无节制的繁殖，兴盛时期曾达到数百万人口。这样一个庞大的群体，在当时是一个重大的社会负担。当承受能力崩溃时，其头领必然会作出一定的决断，从而导致大规模、闪电般的移民，繁荣昌盛的玛雅石造城市，几乎在一夜之间成了孤城。
粮食不足
玛雅人当时选择居住地区时，忽视了农业的生产条件。所处的土地不肥沃，不适宜种谷物、稻米，只能种植红薯之类的副食品充饥，或者以木瓜、香蕉、柑桔之类的果品为食。而且收获的数量远不能满足人口增加的需求。长期解决不了数以万计的人口的饮食问题，必然对社会形成一种危机。俗话说“民以食为天”，面对长年累月的缺粮，难免造成社会的不稳定。为了根本解决这一难题，可能决策者作出新的选择——到新的世界去开辟新天地。从而导致了玛雅人的大迁移，由于人去楼空，造成玛雅人居住地区的衰败。
自然灾害
中美洲是强烈地震曾经发生的地方，该地区历史上曾出现震级较强的地震。而中美洲的部分地区深受台风、飓风之苦。历史上玛雅人所居住的地区，难免遭受地震之害和风灾之苦。频繁出现的自然灾害，对于玛雅人来说，不仅形成了威胁，使兴旺发达的玛雅人经受了严峻的考验。其头领自然会思量摆脱困境的办法。“穷则思变”，在无法摆脱当前困境的情况下，很自然的会考虑退却之路，经过精密的安排之后，出现了玛雅人大逃亡的一幕。
外来侵扰
据调查玛雅人十分仁慈，对于人间争斗是不赞成的，认为人杀人更是不可理解。就连宰杀动物都是禁止的，所以在与相邻的人类交往中，总是处在弱者的地位。倘有外敌入侵，玛雅人必然以失败告终，而这种外界的侵扰总是难免的。倘若这种侵扰时有发生，玛雅人在反抗无力、无法避免的情况下，必然导致集体迁移。
疾病传播
据考证玛雅人昌盛时，居住地区是比较文明卫生的，而且医疗条件高于周围的人类。然而通过相邻的人类侵扰和交流，把当时存在的种种传染病，传播到了玛雅人的居住区，从而导致传染病的流行。这样不仅危及成年人的健康，也影响到后代的生长。在当时的情况下，其头领为了避开疾病的传播，毅然决定离开当时的居住地，迁移到一个新的天地里去重新开始新的生活。
能源匮乏
据推测玛雅人当时还没有电力作能源，也不可能利用煤炭或者石油作燃料，没有发现用风作能源或动力的痕迹，只能认为是依靠太阳的热能为生活服务。从残留的遗址中表明，仅依靠太阳热量作为生活能源供应显然是捉襟见肘。随着人口的急剧增加，能源的匮乏便是一件急切需要解决的问题。要正常生活能源就是必不可少的。玛雅人的科技水平已不能与原始人同日而语，肯定是吃熟食、饮热水。在那么狭小的地区，养活数以万计的人口，显然能源达不到要求。久而久之，能源匮乏将产生“穷则思变”的想法，其头领可能因为能源的严重供不应求而寻求移民的措施。
星外决策
玛雅人的祖先很可能是外星人，玛雅人不过是外星人的后裔。玛雅人与外星系的祖先，可能保持密切联系和经常交往。当玛雅人人口剧增、粮食不足、自然灾害等导致困难重重、矛盾层出，使之不能自拔时，外星世界的祖先会作出大转移的决策，下达动迁的命令，从而使玛雅人以迅雷不及掩耳的速度，对地球上的玛雅人进行了太空大转移，让绝大多数的玛雅人，迁往另一个星球，开始他们的新生活。
兄弟相残
（美国）范德比尔特大学中美洲考古学院的阿瑟·德马雷斯特宣布，新发现的象形文字位于危地马拉的多斯皮拉斯。那里有一座古代金字塔，今夏的一场飓风刮倒了一株大树，露出18级隐藏许久的台阶。范德比尔特大学的另一名玛雅问题研究专家费德里科·法森说：“好几百个新的象形文字填补了玛雅历史上一段长达60年的空白，澄清了在这个关键时期里的政治和军事关系。”
德马雷斯特介绍说，在7世纪和8世纪，当地曾发生过许多战事。现在看来，这竟然是玛雅人的“世界大战”，牵涉到两大主要城邦控制下的所有城市。
多斯皮拉斯建立于公元629年，本是古代玛雅城邦蒂卡尔的一个军事前哨。蒂卡尔王派自己的弟弟统治这里。台阶上的文字说，多斯皮拉斯王与蒂卡尔王长年结盟。但后来卡拉克穆尔城邦从北方——现在的墨西哥——前来征服了多斯皮拉斯，俘虏了国王，又把他当作傀儡送回王位。
变节投诚于卡拉克穆尔的多斯皮拉斯王向蒂卡尔发动了一场十年战争，并获得了胜利。他率领军队洗劫蒂卡尔，把那里的国王———自己的亲兄弟———和其他贵族带到多斯皮拉斯杀死祭神。此后，多斯皮拉斯以卡拉克穆尔为靠山，四处征战，成为一方霸主。
这时的玛雅文明眼看就要走向更高的组织形式，巩固成为单一的大帝国。然而蒂卡尔被洗劫后又卷土重来，打垮了卡拉克穆尔。整个玛雅世界从此分裂成许多地方集权，进入了激烈的小规模战争时期，并最终导致了玛雅文明的衰败。而多斯皮拉斯在公元760年被遗弃，从此一蹶不振。
德马雷斯特说，伦敦大学的西蒙·马丁和波恩大学的尼古拉·格鲁贝曾经指出，是蒂卡尔和卡拉克穆尔这两大城邦的长年鏖战导致了玛雅文明的毁灭。如今他们的观点得到了有力的证明。，然而玛雅各邦在语言、文字、宗教信仰及习俗传统上却属于同一个文化圈。16世纪时，玛雅文化的传承者阿兹特克帝国被西班牙帝国消灭。
消失的玛雅古国有五大预言：
1.预言了玛雅人自己的灭亡。
2.预言了我们这一代人有飞机有汽车这些高科技。
3.预言了我们这一代要出一个希特勒这样的人，并且预测了他的出生与死亡日期。
4.预言了我们这一代人将会在第五个太阳纪终结。
5.第四个预言就是2012年，世界末日。