2005年12月某水下考古队进驻抚仙湖，通过进一步的探测，发现古城是有8座建筑组成的古建筑群，这些古建筑实在是令人难以置信，其中一座高20米、相于十层楼高的金字塔形建筑物最引人注目。
考古队还发现了一个底座宽为63米、高21米类似古罗马“斗兽场”的巨大建筑，在这些建筑群中间，还有一条300米长、7米宽镌刻着精美图案的石板路。考古队初步考证，这是一座2000前的古城，很可能是历史上记载的古滇国的国都或者俞元城。
是古滇国都？俞元城？还是其它？
司马迁《史记》记载，战国时期，楚国欲将势力范围扩展到西南，便派出大将庄蹻率领大军来到滇地（现在的云南地区），征服了当地的少数民族。正当庄蹻准备班师回朝之际，偏偏赶上秦国入侵楚国，切断了他回路。
庄蹻索性在滇地称王建国，史称“庄蹻王滇”。到了汉武帝元封二年（公元前109年），中央王朝把滇国所在区域设为“益州郡”，下辖24个县，滇王成了名义上的统治者，古滇文明逐渐衰弱，融入中原文明。由于缺少文字记载，关于古滇国的一切，逐渐湮没，成了一个无人知晓的历史之谜。
至于俞元城，在有关的史料记载中曾经描述，西汉王朝在抚仙湖一带设立了俞元城，可是俞元城到隋唐以后再没有任何记载。澄江当地一直流传这样的传说：“俞元古城和人都沉到湖底”。
在第一次水下考古的时候，专家根据有限的线索初步推测这座古老的建筑可能就是古滇国国都或者俞元城。但随着第二次水下探秘的推进，更多的新发现使原来的推测又有所变化。云南大学考古研究中心主任李昆声和中国社科院考古研究所所长、研究员刘庆柱认为，有关水下古建筑群的疑点较多。
抚仙湖未解之谜
谜一，规模宏伟
水下古城通过声呐探测扫描，确定其面积大致为2.4平方公里，规模不逊于上世纪70年代的澄江县城，那么大的城市规模不是一般都城或者郡县所能达到。在汉代，一般的中国县级城市仅有0.25平方公里，郡级城市一般为0.64平方公里。
谜二，古城建筑结构不一致
无论古滇国国都还是俞元城的建筑结构应为土木结构，而水下古城结构以石头为主。
谜三，符号、图案不太吻合
从澄江、江川等地各种墓葬群中出土的青铜器来看，兵器是古滇国青铜文化的重要标志，在许多剑柄上都雕有奇特的动物造型，如变形的青蛙、呲牙的蛇头、猴头人身像等，这些图案刻画得较为清晰，面目表情可见。
而这次探秘发现的三道人工划痕、“0”“1”符号、七个规律排列的石孔、一张“人面图案”及象征太阳的图案只是简单的勾勒，看上去更原始古老，二者在此表现出来的文化特征不太一样。
抚仙湖传说
水下“活人”
据曾经潜入湖底的潜水员透露，抚仙湖湖底尸体数量庞大，水下尸体均呈现倾斜状，男尸前倾，女尸则向后仰，并且随着水流自然运动，如同活人一般。
湖中存有大鱼
抚仙湖里面的大鱼，可不是一般意义上的大鱼，有人说：有一次乘船过抚仙湖，到尖山时，狂风大浪，不远处看见一个像船一样的东西，仔细一瞧，却是一条大鱼的背脊。
在若干年前，曾有人在岸边看见湖心深处有条如鲨鱼似的大鱼，在湖里翻腾游动，尽管当时雾蒙蒙一片，然则当时发现这条大鱼的人数众多，都声称确有其鱼。以至于再后来的某段日子里无人敢再乘船驶往湖中心，直到今天人们说起时仍然津津有味，绘声绘色。
水底建筑
当地盛传着这样一种说法：古代的时候，抚仙湖的所在地是一个很大的坝子，在坝子的里面，有一个繁华的城池，后来一场大水将这个坝子全部淹没，从前热闹非凡的城池从此沉入水底。
航空禁飞区
抗战时期，一架军用飞机，当时本来已经准备降落在呈贡机场，不想偏离航向，鬼使神差地撞到抚仙湖畔的老虎山上，最后造成机毁人亡。20世纪80年代，我军一架军用飞机在飞到抚仙湖上空的时候，因仪表失灵，最终导致飞机失控，坠入湖中……类似机毁事件发生多次。后来，抚仙湖被列为“航空禁飞区”。
夜见光环
1991年10月24日，这天正好是二十四节气中的“霜降”日，村民张玉祥等人乘船到抚仙湖中捕鱼，却惊奇地发现湖的中央部位冒出了一个发光的圆盘，相当耀眼夺目。
孤山鲛宫
据民间传言，孤山下面有龙宫，还有许多的洞，抚仙湖的鱼常常跑去游玩，可是洞口太小它们身子又大，每次进去就出不来了，最后永远地待在里面。
怪石界鱼
抚仙湖和星云湖中间的隔河上，有一块“界鱼石”，抚仙湖的抗浪鱼和星云湖的大头鱼，游到此处各自回头，形成了有名的“两湖相交，鱼不往来”的奇观。
抚仙湖的这些谜团，有一些是湖边人祖祖辈辈留下来的传说，本身带有一定的神秘色彩，在人们口传耳听的过程中容易被加工和篡改，真实性值得怀疑。也有人说水下古城迄今只是一种说法，尚无任何实证…