周默涵知道山竹就是林少锋，山竹的出现让他意外，周默涵想听一下风车的建议，杨小曼建议一同铲除伍权和林少锋，那样她才能和许逸一同顺利登上那趟火车。周默涵安排宋雅茹执行特殊任务，他把枪交到她手中，那是周默涵一箭双雕的毒计。严浩民接到9号首长，周默涵派浩天埋伏在奥尔旅馆周围。许逸要提前赶到奥尔加旅馆，杨小曼假装担心他，她让他先喝了药，许逸端起来喝下。
许逸喝了药之后晕过去，杨小曼将他扶到床上，浩天来到宋雅茹房间，他说明行动时间，宋雅茹不想和他多言。奥尔回旅馆如期挂出打烊的牌子，伍权和山竹会面，他问起林少锋的女儿，林少锋到广州之后再也没和她见过，伍权说起宋雅茹就在绥芬河，还是周默涵的得力干将，伍权说起他和宋雅茹相识的经历。宋雅茹潜入奥尔加旅馆，沈怀玉听到声音后被她打晕。伍权看到林少锋拿出的长命锁，那和宋雅茹当时拿出的一样，她就是林少锋的女儿，林少锋没想到宋雅茹会成为周默涵的人，他十分自责。
伍权知道宋雅茹没那么无情，林少锋提醒他注意危险，他相信自己出现会让一号方案让周默涵信服，作为革命者他无所畏惧。宋雅茹从楼上来到大厅，林少锋让伍权再见到宋雅茹时把长命锁交给她，沈怀玉从昏迷中醒来。宋雅茹把枪口指向林少锋和伍权，伍权劝她不要冲动，林少锋把枪放下，他见到了久违的女儿，宋雅茹摆出一副咄咄逼人的样子。幺鸡见到沈怀玉后说旅馆已被包围，她安排幺鸡如何来做。伍权拿出长命锁，宋雅茹看到后很惊讶要，伍权说出林少锋就是她父亲，宋雅茹看着长命锁想起周默涵的话，周默涵一直骗她。
沈怀玉关闭奥尔加旅馆的电闸，浩天等特务开枪向屋里射击，伍权拉宋雅茹躲避，伍权胳膊受伤，他让沈怀玉带林少锋从秘道离开，浩天命人向奥尔加旅馆扔入火把和炸药，里面被烧的一塌糊涂，从秘道出来后幺鸡护送林少锋离开，沈怀玉返回营救伍权。许逸醒来后见到杨小曼和杨海轩，他起身要离开时听林叔说奥尔加旅馆失火之事，许逸让杨小曼去打听消息，他头很晕。沈怀玉替伍权包扎伤口，宋雅茹盯着长命锁发呆。奥尔加旅馆被烧光，幺鸡已送林少锋安全离开。杨小曼要出门时被杨海轩叫住，浩天回去后向周默涵汇报情况，周默涵想等风车的消息。
伍权让沈怀玉去找杨小曼，宋雅茹说出杨小曼的代号为风车，她听说过风车曾顺利完成过几次暗杀任务，沈怀玉难以相信，宋雅茹不明白周默涵为何想杀她，她猜出周默涵的阴谋，宋雅茹说出她的任务，银锁足以证明林少锋的身份，她对周默涵怒气万分。王德彪发现戏班有陌生人后十分生气，严浩民被怀疑，他命人不要声张。伍权所沈怀玉叫出去告别，他说明要运出的古董被藏在观音庙的石坡下面，伍权表示歉意。
红色通道第40集剧情介绍(大结局)沈怀玉抱住伍权，林少锋和严浩民商量一号方案的实施，林少锋打算登上那列火车，他把离开时的情况告诉严浩民，林少锋让严浩民按他所说的执行，9号首长的安危全靠严浩民的二号方案。许逸带枪出门时看到屋外扔出的纸条，他打开看后才知道杨小曼是南京派来的特工风车，许逸惊讶万分。严浩民去见王德彪，王德彪让他按时出发，沈怀玉哭着去找王德彪，她说明奥尔加旅馆被烧之事，严浩然正替伍权担心。
王德彪准备带沈怀玉去乡下祭祖，他让孙玉海调查原因。许逸夜里去找杨小曼，他谎称伍权已经牺牲在奥尔回旅馆，许逸让她和自己一同在凤山矿上车，杨小曼假装吃惊。杨小曼一早出门时被许逸跟踪，林叔把疑惑告诉杨海轩，杨海轩不明白杨小曼去祠堂做什么，他进入祠堂后来到秘室，秘室里发现杨小曼藏的定时炸弹。许逸在远处看到杨小曼进入了书店，杨小曼和周默涵会面，她向他汇报说伍权已死，但山竹还活着，杨小曼和周默涵约定中午在阜阳见面，周默涵和杨小曼先后出门让许逸确认她就是特务。
杨海轩匆忙来到杨小曼的房间，房间里空无一人。许逸骑车返回杨家，见到杨海轩后一起去了秘室，杨海轩打开箱子后怀疑那些东西是许逸让杨小曼藏在家中，许逸让杨海轩放心。周默涵从书店出来后赶往阜阳车站，杨小曼从秘室拿出定时炸弹和手枪时被许逸喊住，她拿起枪对准许逸，许逸拦住她时被一刀捅倒，杨海轩看到她杀人时十分吃惊，杨小曼将他打晕。宋雅茹把周默涵的安排告诉伍权，伍权要去对付他们，他说明林少锋也在车上，宋雅茹和他一起行动。
杨小曼骑马赶往凤山矿，浩天通过望远镜看到林少锋等人上车。许逸牺牲前告诉杨海轩真相，杨海轩赶往奥尔加的秘道通知伍权，见到伍权后说明杨小曼要炸火车之事，伍权和宋雅茹追赶出去。严浩民将9号首长安排在戏班人群中，他们跟随王德彪回乡祭祖的队伍出发。杨小曼骑马追赶上火车，她将定时炸弹捆绑在车厢顶部，伍权开车追赶。严浩民在途中被哨卡拦住，王德彪单独叫他到一旁谈话，严浩民被质问，王德彪已确认他就壁虎，严浩民劝他给共产党合作，王德彪不愿意，严浩民是为了任务活着。
严浩民说出占元是他的亲弟弟，王德彪惊讶不已，他不懂共产党人的信仰，王德彪劝严浩民一路走好。伍权开车赶上火车，宋雅茹起身来到火车顶部，浩天等人被伍权扔出的手雷炸死。宋雅茹在火车顶部和杨小曼交手，杨小曼已启动定时炸弹。宋雅茹奋力爬向炸弹后拿起来，杨小曼过去抢时被一脚踢开，宋雅茹把炸弹扔向杨小曼，杨小曼被炸的尸骨无存，宋雅茹跳下火车后被伍权扶起，他们看到火车爆炸，那是周默涵安排的另一个方案，伍权和宋雅茹看着周默涵等人的车离去。一周后，南京，周默涵在房间里听着音乐，宋雅茹进门用枪指住他的头，周默涵知道早晚会有那么一天，一声枪响结束了周默涵这个大特务的性命。(全剧终)