京城人人皆知，海瑞在“六必居”题字，嘉靖帝命裕王抄写刻匾，钱粮胡同已被锦衣卫的人暗中守着。就在这时李时珍赶来看望海瑞，正撞上海瑞在家中亲自弄煤。见了海母，李时珍才知道海瑞在兴国时，兴国一个县都缺水，大户霸住了上面的水源，百姓的秧都插不下去。海瑞替百姓争到了水，自己的女儿却掉到门口的河里淹死了。海妻看到女儿的尸首当时就昏死了过去，动了胎气，肚子里的胎儿也没了。古人之交，贵在对方身处逆境时能终日相陪毫无倦意。李时珍给海妻诊了脉、开了药方又亲自去给她买了药回来，让海瑞熬上了，然后陪着海母海瑞叙谈起来。
吏部京里京外的百官欠俸，兵部南边北边的战事军需，还有遭灾和征税过重省份返还百姓赋税的奏呈都批了红。唯独嘉靖帝修殿的票拟还有拨给宫里用款的票拟没有批红，显然嘉靖帝嫌少了。内阁重新拟票，从吏部又挤出一部分银子。赵贞吉为徐阶所荐从浙江巡抚任上升调户部尚书，表示户部也可拨出款项给工部为嘉靖帝修建宫殿和道观。赵贞吉直言受灾的省份和征税过重的省府必须安抚，该拨的钱一文不少都要拨足。但历来天之道是损有余补不足，大明两京一十三省，也有富庶的省份。户部已经给南直隶、浙江还有湖广行文，叫他们从各自的藩库里拿出一些余款，或从各自的官仓里拨出一些余粮，接济受灾和征税过重的省份，此举深得帝心。赵贞吉入阁了。
而这时被称为内相的司礼监掌印太监吕芳黯然带着疯了的杨金水一起离开了北京。
大明王朝1566第38集剧情介绍户部积欠官员的俸禄从年初就一直拖着，五月抄了严党几个大贪的家，原指望能把上半年的欠俸补发了，岂料工部为赶着给皇上万寿宫永寿宫朝天观和玄都观竣工，那欠俸便只补发了不到一半。七月后一十三省多处遭灾，秋收无收，漕银漕粮又不能按数上缴户部，欠上加欠，到了年底，京里众多官员的欠俸已经多达全年俸禄的一半以上。这个年过不过得去，就全指着广盈库那几道大门打开了。
国库空虚如此，欠俸已拖了半年，此时每个官员却只能发两斗米两升胡椒十吊铜钱过年。广盈库的门一旦打开，群情之失望愤怒可想而知。十三清吏司的官员们这时重任在肩，便是如何苦口婆心劝大家体谅朝廷的难处安贫守道，过一个心忧天下不改其乐的平安年。国子监司业李清源，还是领着百官大闹了广盈库，直闹到户部。
海瑞的日子更是清苦，海妻怀孕不到三个月，海瑞只得将母亲织的布拿到街上贩卖。但顺天府大兴宛平两个县遭灾，倒卧了好些百姓，恐有民变，海瑞代表户部急忙前去赈灾。
大明王朝1566第39集剧情介绍御驾迁居新宫的时辰定在嘉靖四十五年正月初五酉时末刻。整个白天冬日灿烂，彼时，景阳钟便将敲响一百零八下，朝天观玄都观的道众都将齐奏仙乐，然后铳炮齐鸣，整个北京城都将听到，就等当今圣上龙驾腾迁了。
嘉靖帝就要迁居新宫了，百官却不愿上贺表。百十来号官员还每人手里都举着一本奏疏，以弹劾内阁为名黑压压全在西苑禁门外跪下，要奏疏直呈嘉靖帝。陈洪带领东厂和锦衣卫竟然毒打百官。嘉靖帝心情灰恶不愿迁居新宫。
海瑞在大兴赈灾回到家已经是正月初五了，这个年只有母亲和妻子两个人在家里度过。海瑞这时眼睛网着一层血丝，才几天脸上也瘦得颧骨暴露，身上那件官服已经脏得不像样子。海瑞突然病倒，竟至人事不省。一婆一媳家无三尺应门之童，可怜两个妇人一老一孕半拖半抬将海瑞就近搬到了海母的床上，替他盖上了海母平时盖的那床薄被。王用汲闻讯去裕王府，叫出了李时珍，赶到海宅。
陈洪毒打了在西苑禁门外请愿的百官，伤势轻些的都被抬回了家去，以李清源为首十几个伤势极重的，或打破了头脸，或打折了手足，经徐阶请旨被抬到了太医院南院，安放在十几张病榻上，由御医给他们医，裕王奉的旨意来看百官。
大明王朝1566第40集剧情介绍裕王一番感人肺腑的劝说，将那些挨了打、心如死灰的清流京官们都感动了，大家立刻表了态，愿意连夜赶写贺表，以慰君父之心。徐阶立刻命李春芳、高拱、赵贞吉纠集各部堂官火速通知在京官员各赴所属部衙连夜赶写贺表，务必在初六的卯时将贺表上呈玉熙宫。嘉靖帝这才答应迁居新宫了。
同时，一道震古烁今的天下第一疏也将出现了!海瑞准备了棺材，将母亲和妻子托付李时珍带离京城，等着在嘉靖帝迁居新宫时上疏痛陈嘉靖帝几十年不顾国计民生的缺失!