廷杖如期进行，场面血腥。在午门城楼观看的万历皇帝心情畅快，他第一次感到了当皇帝的快感。
夺情风波平息之后，处理完皇上大婚。张居正请假三月回家葬父。路过真定府，知府钱普为其准备了一乘三十二人抬大轿，并肃请道路，将乞丐尽数圈禁。张居正得知消息，让手下放出乞丐。在钱普举行的欢迎酒会上，意外地大谈反腐。
万历首辅张居正第34集剧情介绍张居正准备严惩给他手下放贿银的真定县知县康立乾。没想到县里老百姓都为他求情。经调查，张居正感叹“好官也不得不行贿”的官场腐败。他回乡途中经过河南新郑县，特地绕道前往高家庄拜访高拱。这一对政敌与旧友重逢，各自感叹人生无常。高拱敏锐指出浙东大捷中的种种疑窦，让张居正感到高拱“人在乡野，心存魏阙”的古大臣之风。他遂密令兵科给事中光懋迅速调查此事。
张居正回到荆州葬父，下葬之日，湖广数百官员尽数前来，张居正深为不满。
万历首辅张居正第35集剧情介绍葬礼中，何心隐带着数百名学生闯入。何心隐借送一对 虫八 虫夏 为由，对张居正推行的改革进行讥刺。当夜，张居正召来改任湖北学政的金学曾面谈，拟欲整顿全国私立书院。
回到省城武昌后，金学曾说服巡抚陈瑞，将来洪山书院讲学的何心隐秘密逮捕。此事引起轩然大波。面对各种舆论，金学曾在抚台、按台与学台三长官会揖议事中，抚台与按台并不支持他，金学曾一时陷入孤立。
万历首辅张居正第36集剧情介绍何心隐的信徒数百人围攻学政衙门，金学曾临危不惧，巧妙解围。这时，正在黄河边上的张居正收到金学曾的快报，他立刻回信给抚台陈瑞，力谏“讲学”的危害。陈瑞心领神会，设计将何心隐“瘐死”在狱中。
小皇上大婚之后，由于脱离了张居正的管束，玩心渐炽。这一日听信太监孙海的建议，在大内搞起了集市。