王怀远为拿下豹头寨广散英雄帖，丁五、满天红从中牵线，借助当地积极抗日分子苗铁胆的青帮势力，联合起来一起攻打金水城。廖廷荣不满都是土匪的做法，与王怀远对着干，半路绑了苗铁胆，使苗铁胆跟王怀远闹翻。王怀远不服，要收拾廖廷荣，被田麦穗阻止。
侯七偷了苗铁胆身上的青帮信物，以青帮身份混上豹头寨说服占领豹头寨的伪军贾贵发。王涌泉也赶到金水跟宋文清汇合，也想拉拢当地的青帮势力。就在侯七说服贾贵发准备离开时，正好遇到王涌泉也来说服贾贵发，后期说服了涌泉在日军面前先放下个人利益，众人一起击溃了豹头寨上驻守的日军。
佐藤和田大棒子得到消息赶往豹头寨支援，王怀远自制了一批中药炸弹，埋伏在日军行军途中，令日军中弹后奇痒难忍，大败而退。侯七为了保护银杏，中了日军的手榴弹，身负重伤。
日军伤亡惨重。但阴雨天气药品紧缺，八路军的伤员也同样面临伤势感染，药品紧缺的问题。
神医将军分集剧情介绍 第三十集王涌泉被日军俘获，王怀远得知后，派人营救涌泉，但却因为关押严密无法下手。薛参谋答应帮忙找出王涌泉关押的地点。
因为队伍里药品稀少，王怀远借用《火器医鉴》上的针灸术，治好了侯七在内大部分的伤员。俘虏来的日军里也有同样病症的伤员，王怀远也将其治好。王怀远派人故意放了一个用《火器医鉴》上方子医好的日本俘虏。满天红跟丁五在金水城找到他们早年在皇协军安插的卧底薛参谋，佐藤出条件用《火器医鉴》作为交换王涌泉，王怀远只好答应三天之后交换人质。薛参谋给佐藤带回了一个《火器医鉴》上的方子让佐藤一试真假，佐藤俊二看到受伤的日军士兵回来后伤愈，非常震惊，薛参谋带回的药方也见效，才放心交换出王涌泉，然后让日本军医按照药方给日军伤员治疗。佐藤明着与王怀远换书，暗地派人埋伏，宋文清也带着人埋伏，在半路涌泉就被宋文清劫走。谁知王怀远只给日军治了一半的伤，非但不会痊愈，反而会造成慢性中毒，使得日军伤员大量死亡，佐藤俊二气极。
拷打过薛参谋之后，薛参谋供出他跟丁五和满天红早有联系的事，刁四带人逮捕丁五和满天红，佐藤俊二让红家班继续演出，然后将丁五和满天红在内的红家班的人全部杀死在舞台上。
日本战败，日军投降，佐藤俊二却剖腹自杀，死在《火器医鉴》面前。
神医将军分集剧情介绍 第三十一集田德贵跟刁四逃离日军，归附宋文清。宋文清安插涌泉在田大棒子部队里，观察他的动向。宋文清知道《火器医鉴》是王家祖传古书，将书归还给了王涌泉，涌泉非常感动。
日军投降后不久，金水城就出现了严重的鼠疫。连大部分救护人员也都感染，包括银杏，侯七心急。然而军队却奇缺药品，尤其是磺胺。特务营护送一批药品经过，王怀远带人去找特务营索要磺胺，特务营负责任赵大刚坚决不给，王怀远无奈只好动用武力和阴谋，迷晕赵大刚的特务营，将其制服，然后把药运回去，救治了伤员。
田德贵跟刁四得知八路军正受鼠疫困扰后，认为这是消灭王怀远的好机会，刁四带人进攻金水城，王怀远将计就计，假意抛弃患病的士兵，迷惑刁四，刁四攻进城内，王怀远侯七和大片刀里应外合，堵住刁四，将其处死。
刁四死后，田德贵和宋文清发起进攻，攻进金水城，谷子在战斗中英勇牺牲。
神医将军分集剧情介绍 第三十二集战斗中，田麦穗手臂受伤，激战中，伤情加重，最后感染，王怀远心痛无比，亲自操刀为田麦穗截肢。王怀远的队伍被田德贵打散，虫草和王百会保护着不肯离开阵地的王怀远逃走。
王怀远被赵大刚算计，二人偷袭反偷袭，打成平手，最后二人合力攻打七十四师。王怀远的队伍改名叫猛虎支队。
王怀远派人埋伏在宋文清的行军途中，侯七将辣椒末炸弹投进了装甲车，宋文清被俘。赵大刚得知宋文清的重要性，从侯七、大片刀手中带走了俘虏宋文清回去审问，因此与王怀远冲突。但是宋文清一直守口如瓶，无奈赵大刚又把宋文清送了回来。虫草为了帮王怀远，故意问王怀远哪个穴位能让人意识模糊，王怀远告知，于是虫草将之用在宋文清身上，顺利套出七十四师的主攻方向是蒙阴。
神医将军分集剧情介绍 第三十三集（大结局）涌泉来救宋文清被虫草俘获，王怀远要严惩王涌泉，银杏劝说涌泉回头，但涌泉执迷不悔，最终银杏还是不忍心，将涌泉放走了。
由于截获了重要情报，蒙阴孟良崮战役，八路军获胜。
田德贵不甘心，继续战斗，占领金水城，激战中涌泉朝王怀远开炮。听说王怀远战死，田德贵派涌泉去探听虚实，王涌泉看到躺在棺材里的父亲悲痛万分，磕了三个响头后转身离去。
田德贵听说王怀远的确战死，带着部队冲进灵堂，然而却中了埋伏，刘炳才为了保护田德贵当场被炸死，田大棒子被八路军活捉后，开枪自杀。
八路军继续开展激烈战斗，涌泉亲自带在城楼上带兵助阵，为了攻下济南，王怀远下令向城楼开炮。济南城攻下了，但是王涌泉已经战死，王怀远和银杏等极度悲伤，王怀远在王涌泉身上找到了《火器医鉴》，聊以安慰。
王怀远跟田麦穗随部队南下，赵化民前来送行，带来了一个好消息，组织上批准王怀远正式加入中国共产党，王怀远举起了弹痕累累的党旗庄严宣誓。