在北伐军的帮助下，李三趁机逃了出来，却遇到了渡边信雄。渡边说本来中国人之间的事情他不会参与，但如今李三杀了牛岛，这件事就涉及到了大日本帝国，他不能轻易放李三走。李三也趁这个机会质问渡边当年杀了自己的父亲一事。
渡边要带走李三，李毅出现，为保李三，李毅跟着渡边离开，而李三则交还给了北伐军。李毅和渡边一番理论，最后却成了渡边的刀下亡魂。
渡边将李毅的尸体拉到广场上，借以警告济南百姓。日本人的暴行也引起了百姓的愤怒，最终日本人制造了5·3惨案，在济南城内残杀万名百姓。
小七被救出后，渐渐恢复了意识。方俊生告诉大家李毅在和日本人的谈判中被杀害，全城百姓也残遭屠杀。深夜，方俊生带着部队偷袭日本商会，李三发现了诈死的牛岛一雄。
日本人调来了坦克对付李三等人。混战中，李三杀死了牛岛。但坦克挡在前面，让众人无法脱身。
此刻，大牛抱着炸药包冲向坦克，与其同归于尽。北伐军占得上峰，但上头来电要求方俊生等撤退。
决战燕子门第35集剧情介绍蒋总司令下令，北伐军部队撤出济南，继续北上。方俊生不服，要求留下来攻打日本人，为全城百姓和死去的弟兄们报仇。看着大牛的坟墓，小宛难掩心中的恐惧和悲伤，最后留下了一份书信，独自离开。
渡边一个团队的兵力受到了方俊生一个营的阻击，损失惨重。于是派出两个联队的支援。方俊生在日军支援部队的火力下落入被动。方俊生在战斗中受伤昏迷，李三将其救出，送到了济南城外新建的燕子门山寨。北伐军剩余将士和一些地下党成员都加入了燕子门，燕子门的实力壮大不少。
陈宇带着日本军队靠近山寨，欲攻打燕子门。陈宇带着王兴和王峰从正面进攻，而田成和一帮警察在后方阵地操作大炮。李三发现了田成的小部队，带着燕子门的成员控制了大炮。
正面部队在和陈宇的交锋中处于不利，李三利用这几门炮的威力，终将日军打退，并成功活捉了陈宇。陈宇知道自己是难逃一死，为了活命，他将日军运送军火的情报出卖给了李三。陈宇向来狡诈，他的话得不到信任，但李三认为如今杀陈宇不如换个重要的情报更有意义。