之前的大部分人认为这只是木星上的飓风引起的，但UFO爱好者认为，飓风是无法释放出如此巨大的能量的，这个大红斑可能是外星人在木星建立的基地。不过很快科学家发言了：木星大红斑可能会释放出某种神秘的能量，从而不断加热木星上层大气层。
照射到地球上的有效太阳光线可以加热陆地上空大气层，其热量甚至会影响到250英里(约合402公里)外的太空，比如国际空间站轨道。木星与太阳的距离虽然要五倍于地球，但它的上层大气层仍然有温度，而且平均温度相当于地球大气层相应层次的温度。虽然许多科学家一直在致力于研究太阳系外层空间，但他们对这种可以提供额外热量的非太阳能的能量来源仍然感到迷惑不解。
该研究项目主要负责人、美国波士顿大学太空物理研究中心科学家詹姆斯-奥多诺休介绍说，“我们首先排除从上方加热的太阳能，然后通过观测绘制出整个行星上空的热量分布，从而寻找任何温度异常现象，或许可以从中找到这种能量来源的线索。”通过观测行星所释放出的非可见的红外线，天文学家可以测量出该行星的温度。我们所看到的木星可见云层顶部大约位于木星上空30英里(约合48公里)处，而波士顿大学研究团队所测量到的红外线却比这一高度高出500英里(约合805公里)。研究人员发现，如此高的高空，其温度却比预像中要高出许多。
奥多诺休介绍说，“我们马上发现，高空中的最高温度区域恰恰位于大红斑上空。这或许就是一个重要的线索。”木星大红斑是太阳系的奇迹之一。大红斑发现于17世纪伽利略发明望远镜不久后的几年内。大红斑是由有色气体形成的旋涡状图案，它也被称为“永久性飓风”。在过去数世纪中，大红斑的大小和颜色经常发生变化，其跨度相当于三个地球直径的长度，根据其旋转速度，涡状气流约6天旋转一周。木星本身自转速度很快，只需要10个小时即可完成一次自转。研究团队成员、波士顿大学太空物理研究中心科学家卢克-摩尔博士认为，“大红斑可能就是极好的能量来源，可以加热木星上层大气层。但是，我们还没有确切的证据证明它能够对高海拔空间的大气层产生实际影响。”
对于如何解决遥远的行星的能量危机问题，科学家或许可以从太阳系内找到线索。研究人员指出，木星可见光环之上的高空出现不同寻常的高温，这种现象可能并非太阳系独有的。不仅仅太阳系内的土星、天王星和海王星存在这种现象，也许在太阳系外的所有巨型系外行星都存在这种现象。
可见，木星上的大红斑个外星人没什么关系。木星是气态行星，很难诞生生命，所以几乎没人在木星上寻找外星人。