苏小枫和杨铁君在史仲良家帮助布置新房时发现了一架电台。就在苏家一家人准备第二天的婚礼时，焦志新等人找上了门并把不回答任何问题的史仲良带回了局里。当听说母亲因担心而昏倒后，史仲良主动交代了情况，说电台和他收的汇款都是苏云轩的。随即被请到公安局的苏云轩要求见章少川，他向章少川说明了电台和汇款的来历。
回到家的史仲良却没了急着结婚的热情，他说自己累了，想休息休息，小雅表示理解。
市委副书记约见苏云轩，说北京文物古迹的地道中有四处已预埋了炸药，请苏教授帮助工作以保护这些文物。
杜庆元接到郑贤治的一个老乡王福贵打来的电话，说住在丰台的一个小旅馆，郑贤治却说他不认识这么个人。
唐耀宗向杨柳求婚遭拒绝，唐说知道杨柳爱上了焦副科长，杨柳怒斥他胡说。
冯秉堃向侯天柱报告他调查来的佐藤的情况，侯天柱对冯秉堃大加赞赏。
婚礼的头天晚上，史仲良坚持一个人去教堂做一次忏悔。从教堂返回，当他心情轻松地打开新房的门时，却惊呆了。
密令1949第12集剧情介绍苏小雅新婚之日，焦志新神情落寞，杨柳小心地宽慰他。
婚礼在即，史仲良却突然失踪，苏云轩急得心脏病突发被送进医院。
找不到史仲良而父亲又住了院，婚礼是无法举行了。为怕出差归港的史父担心，小雅和小枫只得先把史母送回香港，一家人在车站凄凉道别。
小枫和杨铁君对家里发生的一系列事百思不得其解，趁着家里没人，他们俩又开始翻找起来，没想到竟真的让他们找出了反动传单和手雷等，他们报了警。
面对章少川，苏云轩说出了真相，他在抗战时期就利用自己的各种关系为八路军购买各种禁运物资。而妻子秀子是美国中央情报局的特务，她带着小雅回到中国后不断动员苏云轩参加他们的间谍组织，被苏云轩坚决拒绝。发现秀子偷盗了图纸后，苏云轩悄悄用假图纸换走了国民党特务急需的图纸并将其主要数据用暗号记录在自己的小本子上，因秀子遭遇了意外，又出于保护两个女儿的考虑，苏云轩本想让这些成为永远的秘密，但现在，他还是决定配合公安人员根据他当年所记录的数据，重新绘制出北京重点古建筑的结构，为公安人员寻找有关的地道、暗室提供资料。
深夜，冯秉堃接到一个匿名电话说林倩如并没有死，她的棺木是空的。