兄弟齐心
适存被俘，苏格拉底正要对他注射药物。这时四大长老突然现身，趁苏格拉底还没反应过来，四长老使出超能力震倒蛇夫座大军，从苏格拉底手中抢走了适存。如今蛇夫座猖獗，要制止他们，只有适存与天择兄弟俩齐心协力。所以适存必须抛下过去的成见，找到天择，共同对付苏格拉底和他的佣兵大军。苏格拉底同样知道自己的弱点，他命令手下，马上出去寻找方天择，找到后立刻处死，以绝后患。
天择正在学校，合威会的兄弟都神秘失踪，他在想办法寻找。这时适存气喘吁吁的赶来，告诉天择有关蛇夫座的事情。蛇夫座绑了沈昊等人，并改制大夫人研发的药物，将他们变成佣兵，让整个方家处于险境。天择听后，淡然一笑。他已不是方家少爷，方家的事轮不到他来操心，他只想救沈昊。
这时适存提出了他的条件，让天择成为方家继承人。适存曾渴望夺回自己失去的东西，可当他坐上族长的位置后，又迷失了自己，感觉不到曾经的快乐。现在狮方集团落入了苏格拉底之手，适存自认没有资格再坐族长之位，所以他愿意让给更有能力的天择。他则带着母亲的骨灰，住在大海边。话说到这份上，天择已不能再置身事外。两人摒弃前嫌，要与蛇夫座一拼到底。
说曹操，曹操到。天择和适存正在讨论作战方案，蛇夫座人已经追到了学园。芝儿也发现了在校园鬼鬼祟祟游荡的蛇夫座人，便悄悄跟在他们后面。见蛇夫座人突然对天择和适存发动袭击，情急之下冲上前去。哪知蛇夫座人见有人支援，掏出刀就刺向芝儿。眼见芝儿要受伤，小明现身为芝儿挡了一刀。小明是巨蟹座，隐形是他的能力。从芝儿第一天到校，就默默的守护在她的身边。现在小明完成了自己的使命，安然的闭上了眼睛。蛇夫座人看到杀错了人，心里也是惊慌，再加上天择和适存步步紧逼，只好仓皇逃命。
学园里仅剩的学员都来参加了小明的葬礼。直到此时，他们才知道蛇夫座的存在。天择和适存号召他们一起对抗邪恶的蛇夫座，重建十二星座的和平。
超能星学园第29集剧情介绍决战
大家纷纷响应号召，准备直击蛇夫座的老巢。在目前的情况下，勃昂帮和合威会也首度合作，可芝儿却始终没有原谅适存。适存不知道还能否活着回来，决定向芝儿道歉。他并不指望能获得原谅，只要能说出心中的想法，表达出自己的歉意就好。在适存诚恳的态度下，芝儿选择了原谅。
天择和适存率领着同学们冲进了蛇夫座的基地。学员们使出平时所学到的知识，巧妙运用自己的超能力，把蛇夫座的看守打得落花流水。但这只是开始，后面的敌人他们就不知道应当如何对付。面对着曾经的校长和朋友，天择和适存也犹豫了。唯今之计，只能先打晕，日后再慢慢想办法。大家在战斗时，芝儿带着其他处女座学员为伤员包扎。
在基地中，天择还抓到了校长秘书。从他的嘴里得知了苏格拉底还有更大的阴谋，炸毁星台，让被注射药物的十二星座，成为更可怕的人肉炸弹。于是兵分两路，男学员赶去星台阻止苏格拉底，女学员留在基地收拾剩下的虾兵蟹将。
当天择和适存赶到建在狮方集团大厦顶层的星台时，看到苏格拉底正领着精锐手下，把守着通向星台的道路。适存知道他是要拖延时间，决定速战速决。可苏格拉底打了个响指，沈昊和毛子尖就冲了出来，挡在苏格拉底身前。
失去意识的沈昊和毛子尖二话不说，就冲了过来，曾经的同学打成了一团。蛇夫座人也趁这个机会抓紧安放星台上的炸弹。炸弹上的计时器开始倒计时，只给天择他们留下六十秒的时间。天择和适存想上去拆除炸弹，可一次又一次被打退回来。时间飞快流逝，只剩下十秒钟时，适存作出了一个决定，要用自己的牺牲赢得胜利。
芝儿带着补充好的包扎用品再次返回蛇夫座基地时，才知道天择去了星台。她想都没想，拔脚就向狮方集团跑去。奔跑间，她发现双掌出现了一团黑气，脚步越来越有力，速度也越来越快。
超能星学园第30集剧情介绍(大结局)没有结局的结局
当芝儿赶到时，正看到适存跃上星台将炸弹拿在手里。适存深情的看着芝儿，嘱咐天择好好照顾她。说完，适存对着地面使出狮子吼，强大的作用力让他飞快的冲向天空。巨大的火球腾空而起，就像初升的太阳，却又很快湮灭，消失得无影无踪。
苏格拉底见计划失败，愤怒之下命令所有佣兵下杀手，不留活口。芝儿眼前一片血腥，看着同学们自相残杀，一个个倒在地上，她感到头痛欲裂。一股力量突然爆发，从她的呐喊中蓬勃而出。呐喊之后，芝儿的瞳孔变成红色，一头黑发也变得雪白。预言中的最强超能力者复苏了。
最强超能力者的使命是保护蛇夫座，可在吸取其他人超能力时，她的眼前仿佛出现了一个人。那是芝儿去世多年的母亲，在虚幻的世界里等待芝儿超能力的觉醒。原来芝儿也是蛇夫座，母亲给她留下了一个问题，应当按星座选择立场，还是按内心做正确的事。
当最强超能力者再次睁开双眼时，红色的瞳孔消失了。芝儿的理性占了上风，她的使命不再是保护蛇夫座，而是让十三星座和平相处。
一个月后，结束软禁的大夫人又回到了公众面前。今天是方家宣布新继承人的新闻发布会，如同前一次一样，嘉宾云集。天择并没有接受继承人的位置，而是交给了其他人。他心里只想着芝儿，在医院时， 听到医生说芝儿没事。可现在他到了好面基地，却见不到芝儿。舅舅的表情也是欲言又止。芝儿只留下了一封信，当天择看到这封信时，芝儿已经远走他乡。
经过蛇夫座的事情后，学园里又恢复了平静。曾经的互不相让的对手，现在变成了默契的队友。但苏格拉底仍没有放弃，他和傅立叶暗中再次纠集残余的蛇夫座人，随时准备东山再起。
遍寻不着芝儿的天择拖着疲惫的脚步走进面馆，当一碗面放在他面前时，又闻到了那熟悉的味道。他抬起头看到那熟悉的面庞，按捺住激动的心情，平静的说了声“好久不见”。