7月12日，联邦大陪审团决定正式起诉章莹颖案嫌犯，起诉的罪名仍是绑架，原定于7月14日的预审已经取消。联邦检察官办公室发出的公告指出，嫌犯在候审期间仍将被继续关押，如果被定罪，最高刑罚为终身监禁。同时在此文件中，检方仍然认为章莹颖已经死亡。FBI及当地警方仍在继续调查中。
同时，章莹颖家人对于联邦大陪审团决定正式起诉嫌犯感到欣慰，并感谢警方和检方的不懈努力，更加感谢在中国、美国和世界各地的同胞对莹颖及家人的关切。
克里斯滕森的律师汤姆斯·布鲁诺(Thomas Bruno)说，如果大陪审团提起公诉罪名成立，那么嫌犯将被判无期徒刑。布鲁诺拒绝深度评论此案。一名芝加哥律师在法律上协助章莹颖的家人，但媒体没能立即联系上章家的律师。
美国联邦检察官代表帕特里克·汉森和联邦调查局特工肖恩·考克斯宣布了起诉书，起诉书称，在6月9日克里斯滕森绑架并扣押了章莹颖。检方在起诉书中陈述，嫌犯在犯罪中使用了摩托罗拉手机和黑色土星阿斯特拉轿车，从两种工具上获取的证据表明，嫌犯实施了进一步的犯罪侵害。
根据之前检方提交给法院的一份诉讼证词表明，在6月9日拍摄到的监控录像显示，章莹颖大约在当天下午2时遇到克里斯腾森驾驶的一辆黑色土星阿斯特拉的轿车，这辆车停靠在香槟西克拉克街(W.Clark St)和北古德温大街(N.Goodwin Ave)交叉路口的拐角处。随后，车辆载走章莹颖，沿着古德温大街向北行驶。
起诉书中还表示，在6月9日大约下午1时39分，章莹颖从她的手机上发了一条短信给一名在厄巴纳的公寓大楼的经理。在留言中，章说她将在稍后时间去见公寓经理并签订租约，她预计在下午2时10分到达。基于她事先预约的原因，下午约2时38分，公寓经理给章发了一条短信，但没有收到回应。
6月9日大约晚上9时24分，一名伊利诺斯大学副教授向大学警方报告章莹颖失踪。有多名同事试图通过电话联系到章莹颖，但没有得到她的回应。
“在这种情况下，嫌犯可能的回答有两种，一种是认罪，另一种是不认罪。再一种情况是由辩方律师说我的当事人选择保持沉默或类似的说法，其实这个和回答不认罪是同样的效果，这大概就是我们现在很多关心此案件的人所讲的辩方律师将做无罪辩护。”王志东解释道。其实，无罪辩护是美国法理上的一个基本原则，嫌犯在被审判定罪之前都将被认为是无罪的。